Trong bộ phim, đặc vụ FBI Fox Mulder (David Duchovny) do muốn tìm lại người em gái mất tích của mình, đã dấn thân vào điều tra tại "X-files" với niềm tin rằng em gái của anh đã bị bắt cóc bởi người ngoài Trái Đất. Mulder rất tin tưởng vào sự tồn tại của người ngoài Trái Đất trong khi người tham gia điều tra cùng Fox Mulder là đặc vụ Dana Scully (Gillian Anderson). Ban đầu, Scully không tin vào những điều mà Fox Mulder nói, nhưng với những bằng chứng cụ thể cùng với những vụ án thực tế cô và Mulder trải qua, dần dần Scully đã tin vào những hiện tượng kỳ bí.
Tuy nhiên, tới cuối phim thì nhân vật Fox Mulder xuất hiện ít hơn và có thêm sự xuất hiện của một nhân vật chính khác là đặc vụ John Doggett (Robert Patrick). Tới phiên mình, John Doggett lại nghi ngờ tính xác thực của các vụ án trong X-files và lúc này, chính đặc vụ Scully là người đã khiến cho John Doggett dần dần tin vào X-files
The Sixth Extinction (2) (Tập 1) 7.3
Biên kịch: Chris Carter
Ngày phát sóng: 1999-11-07
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: While Scully travels to Africa to piece together the meaning of the symbols on the spaceship beached on the Ivory Coast, Mulder is imprisoned by his own frenetic brain activity. He manages to get a message to Skinner who finds Kritschgau, and together they try to understand what is happening to Mulder before it is too late.
The Sixth Extinction II: Amor Fati (3) (Tập 2) 7.2
Biên kịch: David Duchovny
Ngày phát sóng: 1999-11-14
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Scully frantically searches for a way to help her ailing partner without having anyone to turn to for help, while a catatonic Mulder's dreams lead him away from his mission and the X-Files to a place which he believes is a better life.
Hungry (Tập 3) 7.4
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 1999-11-21
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: A monster who feeds on human brain matter tries to lead a normal life, but he soon cannot control his feelings of hunger.
Millennium (Tập 4) 7.5
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 1999-11-28
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: As the year 2000 draws closer, the agents are up against a man from the Millennium Group who believes that he can bring about the end of the world on the 31st of December if he resurrects four former members from the dead. To gain more insight into the group and its practices, Mulder and Scully enlist criminal profiler Frank Black to assist them in the investigation.
Rush (Tập 5) 7.3
Biên kịch: David Amann
Ngày phát sóng: 1999-12-05
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: A young man who has gained the ability to move faster than the eye can see begins to use his new power to kill his enemies, including the local sheriff who happens to be his father.
The Goldberg Variation (Tập 6) 7.9
Biên kịch: Jeffrey Bell
Ngày phát sóng: 1999-12-12
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully get caught in a real-life Rube Goldberg device when they meet Henry Weems, who just may be the luckiest man on Earth - except everyone around him doesn't seem to be that lucky.
Orison (Tập 7) 7.2
Biên kịch: Chip Johannessen
Ngày phát sóng: 2000-01-09
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Reverend Orison hopes to save Donnie Pfaster's soul by helping him break out of prison, but Donnie immediately plans to go after the victim that once escaped him... Scully.
The Amazing Maleeni (Tập 8) 7.6
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 2000-01-16
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: When a small-time magician performs a trick where it appears that he turns his head all the way around but is then found in his van dead with his head neatly sawed off, Mulder and Scully suspect he was murdered and get caught up in an intricate scheme planned by two magicians trying to rob a bank.
Signs and Wonders (Tập 9) 6.4
Biên kịch: Jeffrey Bell
Ngày phát sóng: 2000-01-23
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Snakes are killing the unrighteous, but Mulder and Scully doubt that this is a case of divine intervention.
Sein Und Zeit (1) (Tập 10) 7.5
Biên kịch: Chris Carter
Ngày phát sóng: 2000-02-06
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: A young girl inexplicably disappears from her home, and Mulder requests the case even though it is a full FBI matter, not just an X-File. When Mulder takes some outrageous leaps to convince the girl's parents that she will be found, Scully fears that Mulder is becoming too personally involved with the case because of his sister's abduction.
Closure (2) (Tập 11) 7.1
Biên kịch: Chris Carter
Ngày phát sóng: 2000-02-13
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: After arresting the murderer of Amber-Lynn LaPierre and discovering a mass grave site containing the bodies of dozens of missing children, a man comes to Mulder and claims to have had visions of other victims who aren't buried at the site. Despite Scully's objections, he takes Mulder on a journey which reveals what truly happened to his sister.
X-Cops (Tập 12) 7.5
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 2000-02-20
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: A Los Angeles police officer who is being filmed for the show COPS is attacked by a strange monster and Mulder and Scully are investigating the case. Scully is wary of having their faces put on national television but Mulder welcomes the publicity.
First Person Shooter (Tập 13) 6.0
Biên kịch: William Gibson
Ngày phát sóng: 2000-02-27
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: The Lone Gunmen call Mulder and Scully to a virtual reality development lab where they learn that one of the program testers was killed inside the computer generated game environment by the digital image of a woman. Needing to get his yah-yah's, Mulder enters the game to fight the woman, but Scully must step in to save him.
Theef (Tập 14) 6.6
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 2000-03-12
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully suspect that hexcraft is the source of threats against a doctor's family.
En Ami (Tập 15) 7.5
Biên kịch: William B. Davis
Ngày phát sóng: 2000-03-19
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: The Cigarette-Smoking Man offers to show Scully the cure for all diseases if she travels with him, but on one condition: Mulder must not know about her trip.
Chimera (Tập 16) 6.9
Biên kịch: David Amann
Ngày phát sóng: 2000-04-02
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: As Mulder investigates a missing person case with a key feature being a menacing raven, he learns to enjoy the creature comforts of a well-tended home while Scully must tough it out on an uncomfortable stakeout.
all things (Tập 17) 6.8
Biên kịch: Gillian Anderson
Ngày phát sóng: 2000-04-09
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: A series of coincidences leads Scully to a married man she had an affair with during medical school but left him to protect his family.
Brand X (Tập 18) 7.5
Biên kịch: Steven Maeda
Ngày phát sóng: 2000-04-16
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: While protecting a man due to testify against the Morley cigarette company, Skinner is horrified when the witness dies mysteriously. What the agents soon discover is that a new brand of cigarette has a dangerous secret.
Hollywood A.D. (Tập 19) 6.7
Biên kịch: David Duchovny
Ngày phát sóng: 2000-04-30
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully watch a movie with themselves as characters and are thoroughly disgusted at how they and their case are portrayed on the big screen. They recount how 18 months earlier they were followed around by a Hollywood producer while investigating a case concerning The Lazarus Bowl - a mythical piece of pottery reputed to have inscribed on it the words that Jesus Christ spoke when he raised Lazarus from the dead.
Fight Club (Tập 20) 5.8
Biên kịch: Chris Carter
Ngày phát sóng: 2000-05-07
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully cross paths with two women who are identical and have followed each other across 17 states in the last three years, causing chaos and mayhem wherever they are.
Je Souhaite (Tập 21) 7.8
Biên kịch: Vince Gilligan
Ngày phát sóng: 2000-05-14
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully discover a genie in a rug who, after 500 years of granting wishes, has come to the conclusion that people are still as greedy and self-centered as they always have been, and she begins to corrupt the wishes she grants if they are not specific enough.
Requiem (Tập 22) 7.8
Biên kịch: Chris Carter
Ngày phát sóng: 2000-05-21
Thời lượng: 45 min
Tổng quan: Mulder and Scully return to the town of their first X-Files investigation where a UFO has crashed in the forest. The Cigarette-Smoking Man arranges for Krycek to be released from prison in order for him to make contact with the aliens and begin rebuilding the "Project", while Scully's health appears to be taking a turn.
